Pentadbiran British secara langsung di negeri-negeri Melayu bermula di Perak pada tahun 1874 melalui 'Perjanjian Pangkor', diikuti Selangor, Negeri Sembilan, dan Pahang. Semasa pentadbiran British, jawatan Residen diperkenalkan di setiap negeri untuk menasihati Raja-Raja Melayu dalam urusan pentadbiran negeri, kecuali perkara-perkara yang bersangkutan adat istiadat orang Melayu dan agama Islam. Residen berkuasa penuh dalam setiap urusan pentadbiran negeri. Dalam tahun 1896, sistem pentadbiran keempat-empat negeri Melayu itu diletakkan di bawah satu pemerintahan Kerajaan Pusat. Pada 1 Julai 1896, keempat-empat negeri tersebut dikenali dengan nama Negeri-negeri Melayu Bersekutu yang diketuai oleh seorang Residen Jeneral yang beribu pejabat di Kuala Lumpur.

Negeri-negeri Melayu Tidak Bersekutu pula ditubuhkan pada tahun 1909 melalui satu perjanjian yang ditandatangani di antara kerajaan British dengan Siam. Dalam perjanjian tersebut, Kerajaan Siam telah menyerahkan hak bagi empat negeri Melayu iaitu Perlis, Kedah, Kelantan dan Terengganu kepada kerajaan British. Pada tahun 1945, Malayan Union telah diperkenalkan di Tanah Melayu yang menggabungkan semua negeri Melayu termasuk Pulau Pinang dan Melaka, kecuali Singapura di bawah satu pentadbiran.

Kuasa mutlak pemerintahan terletak di tangan Gabenor British yang dilantik. Sultan-sultan hanya menjadi Raja Kehormat dan anggota Majlis Penasihat. Gabenor pula menjadi pengerusinya. Kelangsungan proses ini berlaku dengan beberapa perubahan dan seterusnya meletakkan status Gabenor setaraf dengan Raja-Raja Melayu di Malaysia.