Berikutan penaklukan Portugis di Melaka dalam tahun 1511, pentadbiran tentera dan awam dilaksanakan dengan menggabungkan unsur barat dan tempatan. Jawatan Gabenor atau Kapten Portugis di Melaka diwujudkan dengan imbuhan bulanan yang ditetapkan. Lantikan tersebut biasanya bagi tempoh tiga atau empat tahun.

Beliau berkuasa terhadap semua penduduk, meliputi bidang awam, jenayah, hal-ehwal keselamatan dan ketenteraan. Dari segi kuasa, beliau tertakluk kepada Wizurai Portugis di Goa dan Raja Portugal.

Dalam melaksanakan tugasan awam, Kapten Portugis di Melaka dibantu oleh sebuah majlis yang dianggotai oleh Ovidor (Hakim Besar), Viador (Datuk Bandar), Paderi Besar dan Ketua Turus Keselamatan. Segala Hukuman yang diputuskan oleh Hakim Besar perlu disahkan oleh Gabenor/Kapten sebelum dilaksanakan.

Bagi maksud kemudahan, pemimpin anak negeri atau ketua kaum juga dilantik dan diberikan gelaran tertentu seperti Bendahara dan Temenggong. Di dalam kes jenayah berat, khususnya melibatkan golongan bangsawan (fidalgo) mahupun perkara keselamatan, Gabenor/Kapten Portugis di Melaka merujukkannya kepada Wizurai di Goa atau Raja Portugal. Pentadbiran Portugis di Melaka menghadapi pelbagai masalah khususnya dalaman dan luaran.

Di antara Gabenor/Kapten Portugis yang terkenal di Melaka termasuklah Matias Albuquerque dan Antonio Pinto Da Fonseca.