Pada 1 Jun 1959 Tun Abdul Ghafar dilantik sebagai Ketua Menteri Melaka yang kedua selepas Tan Sri Dato' Kurnia Jasa Othman bin Talib. Di bawah pimpinan Tun Abdul Ghafar, negeri Melaka membangun dengan baik dalam bidang pertanian dan infrastruktur. Bagi mengatasi masalah kemiskinan, Tun Abdul Ghafar mengambil pendekatan yang amat praktikal. Pandangan bernas beliau untuk mengatasi masalah kemiskinan masyarakat luar bandar telah dijayakan dengan berkesan oleh beliau antaranya memberi bantuan basikal kepada anak-anak miskin bagi membolehkan mereka ke sekolah, bantuan anak ayam dan lembu untuk para petani, bantuan bot nelayan, pembukaan tanah pertanian bagi peneroka-peneroka baru dan sebagainya. Tunku Abdul Rahman Putra Al-Haj telah melantik beliau sebagai Pengerusi Majlis Amanah Rakyat (MARA) pada 1 September 1967 berdasarkan pendekatan dan kesungguhan beliau bagi mengatasi masaalah kemiskinan.