Pentadbiran Belanda di Melaka diketuai oleh seorang Gabenor yang dilantik dan mempunyai kuasa mutlak terhadap keseluruhan penduduk, meliputi pelbagai perkara. Beliau dibantu oleh sejumlah pegawai yang terdiri daripada Pemungut Hasil Negeri, Ketua Perbendaharaan/ Kewangan, Syahbandar dan Setiausaha Majlis Keadilan.

Perkara yang berkaitan dengan keagamaan ditadbir oleh sebuah badan atau majlis yang khusus. Bagi menjamin ketenteraman awam, sepasukan pegawal diwujudkan. Penduduk tempatan mengamalkan adat istiadat dan perundangan tersendiri, manakala undang-undang Belanda berdasarkan Colonial Statutes dikuatkuasakan ke atas penduduk Eropah. Kehidupan harian pegawai atasan Belanda di Melaka biasanya dipenuhi dengan pelbagai kegiatan. Seorang Syahbandar umpamanya bekerja tujuh jam sehari dan terpaksa menyimpan serta merekodkan jumlah cukai yang dipungut.

Laporan lengkap disampaikan kepada Gabenor. Stadthuys yang dibina sekitar 1660-1700 menurut rekabentuk Belanda merupakan kediaman rasmi Gabenor dan pusat kegiatan Kompeni Belanda manakala pegawai Belanda yang lain menetap di kediaman yang dihiasi rapi. Ada diantara mereka yang memiliki kediaman lain di luar lingkungan Kota Melaka.

Di antara Gabenor Melaka yang terkenal termasuklah Balthasar Bort yang kematian isterinya, Johanna du Moulin dalam tahun 1676. Di atas inisiatif Gabenor, sekitar 1750an, Melaka dibekalkan dengan tiga batang jalanraya yang menghubungkan pesisir pantai dengan kawasan pedalaman.

Bangunan Christ Church, yang merupakan gereja protestant di Malaysia dibina pada tahun 1753. Di antara tahun 1795-1817, pihak Inggeris mengambil alih pentadbiran Belanda di Melaka. Di penghujung pentadbiran Belanda (1824 Masihi), jumlah penduduk Melaka dianggarkan sekitar 20,000 orang.