Sejarah Bangunan
Bangunan PWD 2100 & 2101 ini telah dibina pada tahun 1951 di Bukit Naning (Bukit Pereling), Kampung Simpat Ampat, Alor Gajah Melaka. Bangunan ini dijadikan Kediaman dan Balai Rasmi Penghulu Naning. Kediaman dan Balai Rasmi ini mula digunakan pada tahun 1953 oleh Penghulu Haji Mohd Shah bin Mohd Said al-Haj, Penghulu Naning ke-18 sebagai Pusat Pentadbiran Adat Perpatih Naning sehingga beliau meninggal dunia pada 13 Jun 2004.
Pada 2 Mac 2015 Pejabat Daerah dan Tanah Alor Gajah (PDTAG) telah mengeluarkan notis pengosongan bangunan ini kepada pemilik terdahulu dan seterusnya diserahkan secara rasmi kepada Perbadanan Muzium Melaka (PERZIM) pada 9 April 2015 untuk kerja-kerja konservasi. Kerja-kerja konservasi bangunan ini telah dimulakan pada 14 April 2015 dan siap sepenuhnya pada 30 Jun 2015 dengan menggunakan peruntukan Tabung Amanah Pemuliharaan dan Pemugaran Negeri Melaka. Bangunan ini dicadangkan sebagai Muzium Warisan dan Sejarah Naning bagi menempatkan bahan-bahan pameran dan pusat penerangan bagi menarik lebih ramai pelancong datang ke Melaka. Dengan penubuhan muzium ini, ia secara tidak langsung dapat mengetengahkan produk pelancongan luar bandar untuk bersaing di peringkat antarabangsa.

Objektif
Penubuhan Muzium Warisan dan Sejarah Naning bermatlamat seperti berikut:
1. Mempamerkan sejarah dan warisan Naning untuk tatapan masyarakat umum;
2. Sebagai pusat penyebaran maklumat, pameran dan rujukan berkaitan warisan dan sejarah Naning; dan
3. Sebagai produk pelancongan berteraskan pendidikan yang boleh dimanfaatkan dan memberi hasil kepada masyarakat tempatan.

Konsep Pameran
Aras Bawah:
1. Pengenalan
2. Galeri Menjunjung Kaus
3. Galeri Adat Perpatih Naning

Aras Satu:
4. Galeri Zaman Penjajahan: Portugis, Belanda
5. Galeri Pentadbiran British
6. Galeri Perang Naning
7. Naning Dalam Melaka