Muzium ini terletak di kawasan Simpang Empat, daerah Alor Gajah. Bangunan muzium ini pernah dijadikan sebagai kediaman dan Balai Rasmi Penghulu Naning yang mula digunakan pada tahun 1953 oleh Dato’ Haji Mohd Shah bin Mohd Said al-Haj, Penghulu Naning ke-18. Kini ia telah dijadikan sebagai Muzium Warisan dan Sejarah Naning dengan mempamerkan maklumat berkaitan sejarah dan warisan Naning untuk tatapan masyarakat umum. Kewujudannya juga adalah sebagai produk pelancongan berteraskan pendidikan yang boleh dimanfaatkan dan memberi hasil kepada masyarakat tempatan di daerah Alor Gajah selain dari tapak warisan yang lain berhampiran seperti makam Dato’ Dol Said, Megalith Datuk Tua dan Masjid Taboh Naning.